Vua Sunjong (융희제) thành lập bảo tàng đầu tiên ở bán đảo Triều Tiên (Bảo tàng gia đình hoàng gia) vào năm 1909. Các bộ sưu tập của Bảo tàng gia đình Hoàng gia tại Xương Khánh cung (창경궁 Changgyeonggung) và Bảo tàng tổng hợp chính phủ Nhật Bản trong thời Nhật thống trị bán đảo Triều Tiên về sau trở thành hạt nhân của bảo tàng quốc gia Hàn Quốc khi Hàn Quốc giành được độc lập năm 1945.

Trong thời nội chiến hai miền, 20.000 hiện vật của bảo tàng được di chuyển an toàn đến Busan để tránh bị phá hủy. Khi bảo tàng được đưa trở lại Seoul sau chiến tranh, chúng được lưu giữ ở cả cung Cảnh Phúc (경복궁 Gyeongbokgung) và cung Đức Thọ (덕수궁 Deoksugung). Năm 1972, bảo tàng lại một lần nữa di chuyển đến một tòa nhà mới xây trong khuôn viên cung Cảnh Phúc (경복궁Gyeongbokgung). Lần di chuyển tiếp theo là năm 1986, đến Jungangcheong – tòa nhà tổng hợp của chính quyền bảo hộ Nhật Bản trước đây, đến năm 1995 khi tòa nhà này bị phá bỏ. Tháng 12 năm 1996, bảo tàng được mở cửa cho công chúng tại một nơi tạm thời – Sảnh giáo dục xã hội được cải tạo lại.

Đến 28 tháng 10 năm 2005, bảo tàng được chính thức mở cửa lại tại một tòa nhà mới xây ở công viên gia đình Yongsan. Vị trí mới này vốn là một sân golf của Yongsan Garrison용산기지 – sở chỉ huy của quân đội Mỹ đồn trú tại Hàn Quốc. Quân đội Mỹ đã trả một phần đất cho chính phủ Hàn Quốc vào năm 1992 và nơi ấy trở thành công viên Gia đình Yongsan. Ý tưởng đưa bảo tàng vào công viên Gia đình Yongsan đã có từ năm 1993 nhưng bị trì hoãn liên tục do còn vướng bãi đáp trực thăng mà mãi đến 2005 mới thỏa thuận di dời xong.

Bảo tàng lưu giữ 310.000 hiện vật[4] trong đó mỗi lần trưng bày 15.000 hiện vật. Các hiện vật được trưng bày theo 6 phòng triển lãm là Tiền sử và cổ đại, Trung đại và cận đại, Phòng hiện vật được quyên tặng, Thư pháp và hội họa, Nghệ thuật châu Á, Điêu khắc và thủ công mỹ nghệ.

Bảo tàng quốc gia Hàn Quốc là bảo tàng lớn thứ 6 trên thế giới xét về diện tích mặt sàn với 295.551 mét vuông. Để bảo vệ các hiện vật trong bảo tàng, tòa nhà chính được xây dựng để chịu được động đất 6.0 Richter. Các  quầy chứ hiện vật trưng bày cũng được trang bị sản hấp thụ chấn động. Ngoài ra còn có hệ thống chiếu sáng tự nhiên sử dụng ánh sáng mặt trời thay vì ánh sáng nhân tạo và một hệ thống điều hòa không khí được thiết kế đặc biệt. Bảo tàng được xây dựng bằng các vật liệu chịu lửa và có các sảnh trưng bày, cơ sở hạ tầng giáo dục, bảo tàng trẻ em, các khu vực triển lãm ngoài trời rộng rãi, nhà hàng, quán giải khát và cửa hàng mua sắm.